神树园站位于神树园路口。

来自神树园路口，因位于音国公宫后花园遗址而得名。帜和名为直译：deve 神 + dere 树 + ploda 园。

神树园为地下车站。-1层为站厅，-2层为1号线站台，-3层为封闭停运的7号线站台；1号线站台跨路口偏北，7号线站台偏路口东。共设11组出入口。

初代车站为1号线单线车站，站厅结构复制了1+01站，设6组出入口；站台相较1+01站有所拓宽，以预留7号线换乘节点；站台四角中，三个角各有一小店装饰，这是唯一一座站台有小店的车站。

20231003，建设7号线时，在东侧新建7号线站台，使用预留的节点建设换乘通道；站厅向东加宽，在东端增设了两组出入口。7号线站台使用砂岩及红砂岩装饰，装修风格被后来的2-06、2-07两站继承。

20231023，位于宝宫御道上的HT两组出入口改造为下沉广场式，通行能力提升。

真实列车升级期间，1号线站台向北加长，在北端增设3组出入口；7号线停运，尚未进行改造。